Метаболом
Метаболом[1] се односи на комплетни сет малих-молекулских метаболита (као што су интермедијери, хормони и други сигнални молекули, као и секундарни метаболити) који се може наћи у биолошком узорку, као што је једноставни организам. Реч је скована по аналогији са транскриптомиком и протеомиком, као што су транскриптом и протеом, метаболом је динамичан, и мења се од секунде до секунде. Мада се метаболом може довољно јасно дефинисати, још увек није могуће анализирати целокупан опсег метаболита једним аналитичким методом. Јануара 2007 научници са Алберта универзитета и Калгари универзитета су завршили нацрт људског метаболома. Они су категоризовали и карактеризовали 2,500 метаболита, 1,200 лекова и 3,500 компоненти хране који се могу наћи у људском телу.[2][3][4]
Види још
уреди- Метаболом тумора
- Масена спектрометрија | 2Д гел | Секвенцирање протеина.
- Базе података: ПИР | Сwисспрот | Пфам
- Биоинформатика
Референце
уреди- ^ Прва употреба термина метаболом у литератури – Оливер СГ, Wинсон МК, Келл ДБ, Баганз Ф (1998). „Сyстематиц фунцтионал аналyсис оф тхе yеаст геноме”. Трендс Биотецхнол. 16 (9): 373—8. ПМИД 9744112. дои:10.1016/С0167-7799(98)01214-1.
- ^ Прва књига о метаболомици – Харриган, Г. Г. & Гоодацре, Р. (едс) (2003). РМетаболиц Профилинг: Итс Роле ин Биомаркер Дисцоверy анд Гене Фунцтион Аналyсис. Клуwер Ацадемиц Публисхерс (Бостон). xxx-xxx.
- ^ Фиехн О, Клоска С, Алтманн Т (2001). „Интегратед студиес он плант биологy усинг мултипараллел тецхниqуес”. Цурр. Опин. Биотецхнол. 12 (1): 82—6. ПМИД 11167078. дои:10.1016/С0958-1669(00)00165-8.
- ^ Фиехн О (2001). „Цомбининг геномицс, метаболоме аналyсис, анд биоцхемицал моделлинг то ундерстанд метаболиц нетwоркс”. Цомп. Фунцт. Геномицс. 2 (3): 155—68. ПМЦ 2447208
. ПМИД 18628911. дои:10.1002/цфг.82.
Литература
уреди- Харриган, Г. Г. & Гоодацре, Р., ур. (2003). РМетаболиц Профилинг: Итс Роле ин Биомаркер Дисцоверy анд Гене Фунцтион Аналyсис. Клуwер Ацадемиц Публисхерс (Бостон). xxx-xxx.
Додатна литература
уреди- Wецкwертх W (2003). „Метаболомицс ин сyстемс биологy”. Анну Рев Плант Биол. 54: 669—89. ПМИД 14503007. дои:10.1146/аннурев.арплант.54.031902.135014.
- Гоодацре Р, Ваидyанатхан С, Дунн WБ, Харриган ГГ, Келл ДБ (2004). „Метаболомицс бy нумберс: ацqуиринг анд ундерстандинг глобал метаболите дата”. Трендс Биотецхнол. 22 (5): 245—52. ПМИД 15109811. дои:10.1016/ј.тибтецх.2004.03.007.
- Wисхарт ДС, Тзур D, Кноx C, Еиснер Р, Гуо АЦ, Yоунг Н, Цхенг D, Јеwелл К, Арндт D, Саwхнеy С, Фунг C, Николаи L, Леwис M, Цоутоулy МА, Форсyтхе I, Танг П, Схривастава С, Јеронциц К, Стотхард П, Амегбеy Г, Блоцк D, Хау ДД, Wагнер Ј, Миниаци Ј, Цлементс M, Гебремедхин M, Гуо Н, Зханг Y, Дугган ГЕ, МацИннис ГД, Wељие АМ, Доwлатабади Р, Бамфортх Ф, Цливе D, Греинер Р, Ли L, Маррие Т, Сyкес БД, Вогел ХЈ, Qуеренгессер L (2007). „ХМДБ: Тхе Хуман Метаболоме Датабасе”. Нуцлеиц Ацидс Ресеарцх. 35 (Датабасе иссуе): Д521—6. ПМИД 17202168. дои:10.1093/нар/гкл923.
- Wисхарт ДС, Кноx C, Гуо АЦ, Еиснер Р, Yоунг Н, Гаутам Б, Хау ДД, Псyцхогиос Н, Донг Е, Боуатра С, Мандал Р, Синелников I, Xиа Ј, Јиа L, Цруз ЈА, Лим Е, Собсеy ЦА, Схривастава С, Хуанг П, Лиу П, Фанг L, Пенг Ј, Фрадетте Р, Цхенг D, Тзур D, Цлементс M, Леwис А, Де Соуза А, Зунига А, Даwе M, Xионг Y, Цливе D, Греинер Р, Назyрова А, Схаyкхутдинов Р, Ли L, Вогел ХЈ, Форсyтхе I (2009). „ХМДБ: а кноwледгебасе фор тхе хуман метаболоме”. Нуцлеиц Ацидс Ресеарцх. 37 (Датабасе иссуе): Д603—10. ПМИД 18953024. дои:10.1093/нар/гкн810.
- Ницхолсон ЈК, Холмес Е, Линдон ЈЦ, Wилсон ИД (2004). „Тхе цхалленгес оф моделинг маммалиан биоцомплеxитy”. Нат. Биотецхнол. 22 (10): 1268—74. ПМИД 15470467. дои:10.1038/нбт1015.. Стрессес тхе роле оф интестинал мицроорганисмс ин цонтрибутинг то тхе хуман метаболоме.
- ван дер Грееф Ј, Строобант П, ван дер Хеијден Р (2004). „Тхе роле оф аналyтицал сциенцес ин медицал сyстемс биологy”. Цурр Опин Цхем Биол. 8 (5): 559—65. ПМИД 15450501. дои:10.1016/ј.цбпа.2004.08.013.
- Важност аналитичких наука за омике (-омицс-) и системску биологију
- Келл ДБ (2004). „Метаболомицс анд сyстемс биологy: макинг сенсе оф тхе соуп”. Цурр. Опин. Мицробиол. 7 (3): 296—307. ПМИД 15196499. дои:10.1016/ј.миб.2004.04.012.
- Дунн, W.Б. анд Еллис, D.I. (2005) Метаболомицс: цуррент аналyтицал платформс анд метходологиес. Трендс ин Аналyтицал Цхемистрy 24(4), 285-294.
- Еллис DI, Гоодацре Р (2006). „Метаболиц фингерпринтинг ин дисеасе диагносис: биомедицал апплицатионс оф инфраред анд Раман спецтросцопy”. Аналyст. 131 (8): 875—85. ПМИД 17028718. дои:10.1039/б602376м.
- Фиехн, Оливер; Кристал, Бруце; Оммен, Бен Ван; Сумнер, Ллоyд W.; Сансоне, Сусанна-Ассунта; Таyлор, Цхрис; Хардy, Нигел; Каддурах-Даоук, Рима (2006). „Естаблисхинг Репортинг Стандардс фор Метаболомиц анд Метабономиц Студиес: А Цалл фор Партиципатион”. Омицс: А Јоурнал оф Интегративе Биологy. 10 (2): 158—163. ПМИД 16901221. дои:10.1089/оми.2006.10.158.
