Terrabacteria
Terrabacteria je takson koji sadrži oko dve trećine vrsta prokariota, uključujući one u gram pozitivnim razdelima (Actinomycetota i Bacillota), kao i razdelima „Cyanobacteria“, Chloroflexota, i Deinococcota.[1][2]
| Terrabacteria | |
|---|---|
| |
| Scanning electron micrograph of Actinomyces israelii (Actinomycetota) | |
Научна класификација 
| |
| Домен: | Bacteria |
| (нерангирано): | Terrabacteria Battistuzzi et al., 2004, Battistuzzi & Hedges, 2009 |
| Razdeli | |
| Синоними | |
| |
Terrabacteria je predložena 2004. za Actinomycetota, „Cyanobacteria“ i Deinococcota,[1] a kasnije je proširena na Bacillota i Chloroflexota.[2] Druge filogenetske analize[3][4][5] su podržale bliske odnose ovih razdela. Većina vrsta prokariota koje nisu smeštene u Terrabacteria pripisane su taksonu Hydrobacteria,[2] u odnosu na vlažnu sredinu koja se pretpostavlja za zajedničkog pretka tih vrsta. Neke molekularne filogenetičke analize[6][7] nisu podržale ovu dihotomiju Terrabacteria i Hydrobacteria, ali najnovije genomske analize,[4][5] uključujući one koje su se fokusirale na ukorenjivanje stabla,[4] su utvrdile da su ove dve grupe monofiletske.[4]
Pretpostavlja se da su se Terrabacteria i Hydrobacteria razišle pre otprilike 3 milijarde godina, što sugeriše da su kopno (kontinente) kolonizovali prokarioti u to vreme.[2] Zajedno, Terrabacteria i Hydrobacteria čine veliku grupu koja sadrži 97% prokariota i 99% svih vrsta bakterija poznatih do 2009. godine i smeštene u takson Selabacteria, aluzija na njihove fototrofne sposobnosti (selas = svetlost).[8] Trenutno se raspravlja o bakterijskim vrstama koje su izvan Terrabacteria + Hydrobacteria, i na taj način opravdavaju takson Selabacteria mogu, ali ne moraju uključivati Fusobacteria.[2][4]
Naziv „Glidobacteria”[9] uključivao je neke članove Terrabacteria, ali je isključio velike gram pozitivne grupe, Bacillota i Actinomycetota, i nije podržan molekularno-filogenetskim podacima.[1][2][3][6][7][4][5] Štaviše, članak koji se imenuje Glidobacteria [9] nije uključivao molekularnu filogeniju ili statističke analize i nije pratio široko korišćeni sistem sa tri domena. Na primer, tvrdilo se da su se eukarioti odvojili od Archaea vrlo nedavno (~900 miliona godina), što je u suprotnosti sa fosilnim zapisom,[10] i da je loza eukariota + Archaea bila ugnežđena unutar bakterija kao bliski srodnik Actinomycetota.
Filogenija
уредиFilogenetsko stablo prema filogenetskim analizama Batistucija i Hedžesa (2009) je navedeno ispod i sa kalibracijom molekularnog sata.[1][2]
Nedavne molekularne analize su otkrile otprilike sledeće odnose uključujući i druge tipove, čiji su odnosi bili neizvesni.[11][12][13][14][15][16]
| Terrabacteria |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
S druge strane, Koleman et al.On the other hand, Coleman et al.[4] su imenovali kladu koja se sastoji od Thermotogota, Deinococcota, Synergistota i koja je srodna sa DST, a osim toga analiza sugeriše da ultra-male bakterije (CPR grupa) mogu pripadati kladi Terrabacteria koja je bliže povezana sa Chloroflexota. Prema ovoj studiji, razdeo Aquificota koji se ponekad uključuje spada u Hydrobacteria, a razdeo Fusobacteriota se može pripadati i Terrabacteria i Hydrobacteria. Rezultat je bio sledeći:[4]
| Terrabacteria |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reference
уреди- ^ а б в г Battistuzzi FU, Feijao A, Hedges SB (новембар 2004). „A genomic timescale of prokaryote evolution: insights into the origin of methanogenesis, phototrophy, and the colonization of land”. BMC Evolutionary Biology. 4: 44. PMC 533871
. PMID 15535883. doi:10.1186/1471-2148-4-44.
- ^ а б в г д ђ е Battistuzzi FU, Hedges SB (фебруар 2009). „A major clade of prokaryotes with ancient adaptations to life on land”. Molecular Biology and Evolution. 26 (2): 335—343. PMID 18988685. doi:10.1093/molbev/msn247 .
- ^ а б Bern M, Goldberg D (мај 2005). „Automatic selection of representative proteins for bacterial phylogeny”. BMC Evolutionary Biology. 5 (1): 34. PMC 1175084 . PMID 15927057. doi:10.1186/1471-2148-5-34.
- ^ а б в г д ђ е ж Coleman GA, Davín AA, Mahendrarajah TA, Szánthó LL, Spang A, Hugenholtz P, et al. (мај 2021). „A rooted phylogeny resolves early bacterial evolution”. Science. 372 (6542): eabe0511. PMID 33958449. S2CID 233872903. doi:10.1126/science.abe0511.
- ^ а б в Léonard RR, Sauvage E, Lupo V, Perrin A, Sirjacobs D, Charlier P, et al. (фебруар 2022). „Was the Last Bacterial Common Ancestor a Monoderm after All?”. Genes. 13 (2): 376. PMC 8871954 . PMID 35205421. doi:10.3390/genes13020376 .
- ^ а б Hug LA, Baker BJ, Anantharaman K, Brown CT, Probst AJ, Castelle CJ, et al. (април 2016). „A new view of the tree of life”. Nature Microbiology. 1 (5): 16048. PMID 27572647. S2CID 3833474. doi:10.1038/nmicrobiol.2016.48 .
- ^ а б Zhu Q, Mai U, Pfeiffer W, Janssen S, Asnicar F, Sanders JG, et al. (децембар 2019). „Phylogenomics of 10,575 genomes reveals evolutionary proximity between domains Bacteria and Archaea”. Nature Communications. 10 (1): 5477. Bibcode:2019NatCo..10.5477Z. PMC 6889312 . PMID 31792218. doi:10.1038/s41467-019-13443-4.
- ^ Battistuzzi FU, Hedges SB (2009). „Eubacteria”. Ур.: Hedges SB, Kumar S. The Timetree of Life. New York: Oxford University Press. стр. 106—115.
- ^ а б Cavalier-Smith T (јул 2006). „Rooting the tree of life by transition analyses”. Biology Direct. 1 (1): 19. PMC 1586193 . PMID 16834776. doi:10.1186/1745-6150-1-19.
- ^ Knoll AH (2003). Life on a Young Planet : The First Three Billion Years of Evolution on Earth - Updated Edition. ISBN 0-691-00978-3. OCLC 1303471348.
- ^ Anantharaman K, Brown CT, Hug LA, Sharon I, Castelle CJ, Probst AJ, et al. (октобар 2016). „Thousands of microbial genomes shed light on interconnected biogeochemical processes in an aquifer system”. Nature Communications. 7: 13219. Bibcode:2016NatCo...713219A. PMC 5079060 . PMID 27774985. doi:10.1038/ncomms13219.
- ^ Matheus Carnevali PB, Schulz F, Castelle CJ, Kantor RS, Shih PM, Sharon I, et al. (јануар 2019). „Hydrogen-based metabolism as an ancestral trait in lineages sibling to the Cyanobacteria”. Nature Communications. 10 (1): 463. Bibcode:2019NatCo..10..463M. PMC 6349859 . PMID 30692531. doi:10.1038/s41467-018-08246-y.
- ^ Ji M, Greening C, Vanwonterghem I, Carere CR, Bay SK, Steen JA, et al. (децембар 2017). „Atmospheric trace gases support primary production in Antarctic desert surface soil”. Nature. 552 (7685): 400—403. Bibcode:2017Natur.552..400J. PMID 29211716. S2CID 4394421. doi:10.1038/nature25014 .
- ^ Tahon G, Tytgat B, Lebbe L, Carlier A, Willems A (јул 2018). „Abditibacterium utsteinense sp. nov., the first cultivated member of candidate phylum FBP, isolated from ice-free Antarctic soil samples”. Systematic and Applied Microbiology. 41 (4): 279—290. PMID 29475572. S2CID 3515091. doi:10.1016/j.syapm.2018.01.009.
- ^ Rinke C, Schwientek P, Sczyrba A, Ivanova NN, Anderson IJ, Cheng JF, et al. (јул 2013). „Insights into the phylogeny and coding potential of microbial dark matter”. Nature. 499 (7459): 431—437. Bibcode:2013Natur.499..431R. PMID 23851394. S2CID 4394530. doi:10.1038/nature12352 .
- ^ Eloe-Fadrosh EA, Paez-Espino D, Jarett J, Dunfield PF, Hedlund BP, Dekas AE, et al. (јануар 2016). „Global metagenomic survey reveals a new bacterial candidate phylum in geothermal springs”. Nature Communications. 7: 10476. Bibcode:2016NatCo...710476E. PMC 4737851 . PMID 26814032. doi:10.1038/ncomms10476.
