Predviđanje gena
U računarskoj biologiji predviđanje gena ili nalaženje gena je proces identifikacije regiona genomskog DNK koji kodiraju gene. To obuhvata gene koji kodiraju proteine kao i RNK gene, a može da obuhvata i predviđanje drugih funkcionalnih elemenata kao što su regulatorni regioni. Nalaženje gena je jedan od prvih i najvažnijih koraka u razumevanju genoma jedne vrste nakon njegovog sekvenciranja.[1][2][3]
U prošlosti se „nalaženje gena“ sastojalo od tegobnog eksperimentisanja sa živim ćelijama i organizmima. Statistička analiza stopa homologne rekombinacije nekoliko različitih gena može da odredi njihov redosled na datom hromozomu, i informacije iz mnoštva takvih eksperimentata se mogu kombinovati da bi se kreirala genetička mapa, koja grubo specificira međusobne lokacije poznatih gena. U današnje vreme zahvaljujući postojanju sveobuhvatnih genomskih sekvenci i moćnih računskih resursa nalaženje gene je u znatnoj meri postao računarski problem.
Određivanje da li je neka sekvenca funkcionalna se razlikuje of određivanja funkcije gena ili njegovog produkta. Ove drugi ciljevi su u znatnoj meri zavisni od in vivo eksperimenata putem genskih nokaouta i drugih testova, mada napredak u bioinformatičkim istraživanjima u sve većoj meri omogućava predviđanje mogućih funkcija gena na osnovu same sekvence.
Reference
уреди- ^ Aluru, Srinivas, ed. Handbook of Computational Molecular Biology. Chapman & Hall/Crc, 2006. ISBN 1-58488-406-1 (Chapman & Hall/Crc Computer and Information Science Series)
- ^ Baldi, P and Brunak, S, Bioinformatics: The Machine Learning Approach, 2nd edition. MIT Press, 2001. ISBN 0-262-02506-X
- ^ Barnes, M.R. and Gray, I.C., eds., Bioinformatics for Geneticists, first edition. Wiley, 2003. ISBN 0-470-84394-2
Spoljašnje veze
уреди
- FGENESH Архивирано 2013-01-04 на сајту Archive.today
- geneid, SGP2
- Glimmer Архивирано на сајту Wayback Machine (26. август 2011), GlimmerHMM Архивирано на сајту Wayback Machine (18. август 2011)